تبدأ عملية استئصال الجسم الزجاجي بتقييم دقيق لحالة عين المريض وتحديد سبب المشكلة البصرية. يتم إجراء الجراحة عادةً تحت التخدير الموضعي مع مهدئ، أو تحت التخدير العام في بعض الحالات. يقوم الجراح بعمل عدة شقوق صغيرة (عادة ثلاث شقوق لا يتجاوز عرضها نصف مليمتر) في الجزء الأبيض من العين (الصلبة). يتم إدخال أدوات جراحية دقيقة جداً عبر هذه الشقوق، بما في ذلك أداة القطع والشفط (vitrector) لإزالة الجسم الزجاجي، ومصدر ضوء لرؤية داخل العين، وأداة أخرى لحقن سائل للمحافظة على ضغط العين وشكلها أثناء الجراحة. بعد إزالة الجسم الزجاجي، يقوم الجراح بمعالجة المشكلة الأساسية في الشبكية، مثل إزالة النزيف أو الندبات، أو إصلاح انفصال الشبكية باستخدام الليزر أو التجميد، أو سد الثقوب في الشبكية. في نهاية الجراحة، قد يتم ملء التجويف بسائل ملحي معقم، أو فقاعة غاز أو هواء، أو زيت السيليكون للمساعدة في تثبيت الشبكية في مكانها أثناء فترة الشفاء. يتم إغلاق الشقوق الصغيرة بالغرز إذا لزم الأمر، ولكنها غالباً ما تكون ذاتية الغلق. يتم وضع ضمادة أو واقٍ على العين بعد الجراحة.