تبدأ عملية زراعة القرنية بتقييم شامل لحالة عين المريض وتحديد نوع الزراعة الأنسب. يتم الحصول على القرنية المتبرع بها من بنوك العيون المعتمدة، حيث تخضع لفحوصات دقيقة للتأكد من سلامتها وخلوها من الأمراض. هناك عدة أنواع لزراعة القرنية تعتمد على الجزء المتضرر من القرنية: زراعة القرنية الكاملة (Penetrating Keratoplasty - PK) وتتضمن استبدال جميع طبقات القرنية، والزراعة الجزئية (Lamellar Keratoplasty) التي تستبدل طبقات معينة فقط، مثل زراعة القرنية الأمامية الصفائحية العميقة (Deep Anterior Lamellar Keratoplasty - DALK) لطبقات القرنية الأمامية والوسطى، وزراعة بطانة القرنية (Endothelial Keratoplasty - EK) مثل DSAEK و DMEK لطبقة البطانة الداخلية. يتم إجراء الجراحة تحت التخدير الموضعي أو العام، حيث يتم إزالة الجزء التالف من قرنية المريض واستبداله بالقرنية المتبرع بها التي يتم تثبيتها باستخدام غرز دقيقة للغاية في حالة الزراعة الكاملة أو الجزئية الأمامية، أو باستخدام فقاعة هواء للمساعدة في تثبيت الأنسجة في الزراعات البطانية. تستغرق الجراحة عادةً ما بين ساعة إلى ساعتين. بعد الجراحة، يتم وضع واقٍ على العين وتُعطى للمريض قطرات للعين وأدوية للمساعدة في الشفاء ومنع الرفض.