يتطلب إجراء تنظير القولون تحضيراً دقيقاً للأمعاء لضمان نظافتها التامة ورؤية واضحة للبطانة. يتضمن التحضير عادةً اتباع نظام غذائي سائل وواضح لعدة أيام قبل الفحص وتناول أدوية مسهلة قوية (تحضير الأمعاء) ليلة الفحص وصباحه. يتم إجراء التنظير غالباً تحت التخدير المعتدل أو التخدير العميق لمساعدة المريض على الاسترخاء وعدم الشعور بالانزعاج. يتم إدخال منظار القولون بلطف عبر المستقيم ويتم دفعه ببطء عبر القولون. يقوم الطبيب بإدخال الهواء أو ثاني أكسيد الكربون عبر المنظار لتوسيع القولون وتحسين الرؤية. تنقل الكاميرا الموجودة في نهاية المنظار صوراً حية إلى الشاشة ليتمكن الطبيب من فحص البطانة بدقة أثناء سحب المنظار ببطء. إذا تم العثور على سلائل (بوليبات) أو مناطق مشبوهة، يمكن للطبيب إزالتها باستخدام أدوات صغيرة تمر عبر قناة في المنظار (استئصال السليلة) أو أخذ عينات صغيرة من الأنسجة (خزعة) لإرسالها إلى المختبر لفحصها. يستغرق الإجراء نفسه عادة من 30 إلى 60 دقيقة.